Arbitrage Trading ist eine Variante des Programmhandels, der auf Arbitrage beruht. Beim Arbitrage Trading überwachen Algorithmen kontinuierlich die aktuellen kumulierten Kauf- und Verkaufsangebote sowie die letzten effektiv gehandelten Kurse auf ein Wertpapier, Future oder Index. Wenn es zwischen gleichen Wertpapieren oder Werten an verschiedenen Börsen oder über Futures und Zertifkate möglich ist Preisdifferenzen auszugleichen wird dies automatsich gemacht. Der Computer kalkuliert dazu auch die nötigen Transaktionskosten und kann dann von alleine Geld verdienen.
Zwar sind die Margen in diesem Segment immer dünner geworden, aber Banken können mit den richtigen Algorithmen immer noch etwas relativ risikolos verdienen.